Pozůstalosti, ucelené soubory
Pro muzeum bylo velikým úspěchem získání téměř kompletní pozůstalosti po jedné z nejvýznamnějších národopisných sběratelek v jižních Čechách a známé tvůrkyni Marii Husarové z Křemže. Do muzea se tak dostalo přes 200 kusů oděvu a textilu (kostýmy, šaty, sukně, zástěry, halenky, kabáty, spodničky, košilky, šátky, pleny, kloboučky, ubrusy a ubrousky, prostírky, dečky, závěsy, krajky, bavlnky, plátno, šerkovina či vzorník látek). Dále se zde nachází velké množství fotografií a osobních materiálů, jako např. diáře, zápisky, vyprávění či korespondence. Muzeum vlastní i její velikonoční kraslice.
V roce 2012 se podařilo muzeu získat 244 předmětů od Miroslava Pelikána, českobudějovického perníkáře, cukráře, lektora a sběratele. Soubor obsahuje pomůcky k výrobě cukrářských a perníkářských výrobků (strouhací strojky, formičky na čokoládu, cukrářská rádýlka, vypichovací formičky, cukrářské špičky, kadluby, drůbeřkové formy, perníkářská šavle), jarmareční stánek, publikace vztahující se k tématu cukrářství a perníkářství, rukopisy knih od M. Pelikána či vyřezávaný betlém a drůbeřkový betlém.
Pobočky
- Historická budova Jihočeského muzea
- Muzeum koněspřežky
- Tvrz Žumberk u Nových Hradů
- Památník Jana Žižky z Trocnova