Geologická
Geologická sbírka obsahuje soubor hornin a nerostů s počtem evidenčním čísel G 1 až G 12083 (skutečný, o mnoho vyšší počet vzorků je předmětem probíhající evidence). Zahrnuje kolekci jihočeských nerostů, vzorky z Čech a z celého světa. Z českých lokalit jsou významně zastoupeny Příbram, Jáchymov, Horní Slavkov a Stříbro.
Jedinečnou položkou sbírky je rozsáhlý soubor vltavínů, čítající více jak 5 000 kusů. Vedle jihočeských v něm nalezneme vltavíny moravské a dále i tektity (meteoritická skla) z dalších světových nalezišť. Základy této kolekce položil správce geologických sbírek Jan Oswald, který proslul jako badatel v oblasti poznávání vltavínů a sběratel nerostů. Sbírka tehdy obsahovala 2 802 českých vltavínů. Později byla doplněna nákupy například od Karla Schallera, Milana Prchala a dalších, dary, popřípadě i vlastními sběry muzea.
Za zmínku rovněž stojí např. soubor nerostů pegmatitů, tvořený 300 položkami z 24 jihočeských lokalit. Přibližně z poloviny jde o položky původní sbírky muzea a z poloviny o nové sběry z období od roku 1971. Zatímco staré položky reprezentují několik klasických, dnes již téměř zaniklých lokalit, jako Písek nebo Kloub u Protivína, nové sběry dokumentují větší počet výskytů odkrytých v nedávné době, často jen krátkodobě. Kromě vlastních sběrů muzea byla část materiálu získaná od dobrovolných spolupracovníků.
Z nejcennějších položek geologické sbírky jmenujme: unikátní krystal apatitu, plíšek křepického zlata s kusem okolní horniny a nappříklad diskovitý vltavín o váze 70g s vnitřní spirálovitou stavbou. Apatit byl nalezen v roce 1983 u Opalic na Českokrumlovsku a co do velikosti a vybarvení je to ojedinělý krystal apatitu nalezený v České republice. Váží více jak 700 g a vyniká množstvím krystalických ploch. Cenné je i to, že byl získán z horniny bez poškození, jak tomu v obdobných případech často bývá. Společně s tímto velkým krystalem byl nalezen ještě menší krystal o váze 470 g a několik dalších velkých krystalů poškozených zvětráváním. Jedním z doplňků geologického fondu byl v roce 2000 nákup 365 nerostů z jihočeských lokalit od Václava Pavlíčka.
Součástí geologického fondu je i ucelená paleontologická sbírka, kterou tvoří 126 fytopaleontologických položek včetně permských fosilií z antracitových dolů v okolí Českých Budějovic a 298 položek zoopaleontologických. Paleontologická sbírka byla budována jako přehled vývoje živočichů a rostlinstva v geologických obdobích. Tyto sběry pocházejí z období zakládání muzejních sbírek a později již nebyly ve větší míře systematicky rozšiřovány.
Pobočky
- Historická budova Jihočeského muzea
- Muzeum koněspřežky
- Tvrz Žumberk u Nových Hradů
- Památník Jana Žižky z Trocnova