Mykologická
Mykologická sbírka, založená v r. 1974, je v podstatě herbář hub, jenž je z pohledu systematického zaměřen na vyšší houby (makromycety). Jedná se o herbář regionální, i když se již dnes dá říci, že tento rámec svým obsahem přesahuje. V mezinárodním seznamu herbářů Index Herbariorum vystupuje pod zkratkou CB. K 31. 12. 2016 čítal 21.300 herbářových položek. Ty jsou ukládány tzv. švédským způsobem, tj. v papírových obálkách vložených do kartónových krabiček, které se dále vkládají do větších pevných krabic. Na přírůstcích do mykologického herbáře Jihočeského muzea lze dobře vystopovat vklad jednotlivých kurátorů, kteří se za 40 let jeho existence postupně vystřídali. První z nich, Růžena Podlahová, byla specialistkou na pyrenomycety (tvrdohouby), a tak se v r. 1974, kdy v muzeu působila, jejich sběry dostaly do herbáře ve zvýšené míře.
V letech 1975-1990 se v materiálu ukládaném do herbáře výrazně zvýšil podíl hub hřibovitých, jejichž plodnice si tehdejší kurátor Zdeněk Kluzák s pomocí výzev zveřejňovaných v denním tisku a regionálním rozhlase nechal posílat do muzea a na tomto základě pak publikoval řadu článků o jejich rozšíření v jižních Čechách. Jeho zásluhou také v 80. letech 20. století v muzeu doslova „kvetla" činnost houbařské poradny. V herbáři se to odráží tak, že z té doby pochází mnoho položek přinesených návštěvníky poradny - v políčku nadepsaném „leg.", kde se uvádí jméno sběratele, tak najdeme desítky různých jmen „nemykologů".
Od r. 1990, kdy nastala zatím poslední změna na místě kurátora mykologického herbáře - do JčM nastoupil Miroslav Beran - se postupně projevilo několik nových tendencí. V souvislosti s četnými systematickými a dlouhodobými aktivitami nového mykologa v terénu se do herbáře dostaly ucelenější soubory položek makromycetů vyskytujících se na některých významných jihočeských lokalitách, např. NPR Žofínský prales, NPR Vyšenské kopce, PR Libochovka, PR Fabián aj. Dále se strmě zvýšil počet sběrů z Táborska, kde M. Beran spolupracoval s Mykologickým kroužkem Sezimovo Ústí, z Novohradska, kde prováděl systematický průzkum společně s Tomášem Papouškem, českobudějovickým amatérským mykologem a vynikajícím fotografem hub, a od roku 2005 také z Třeboňska, kde se podařilo navázat spolupráci s Josefem Hláskem, vedoucím Správy CHKO Třeboňsko. Z této spolupráce též pochází bohatá fotodokumentace doplňující herbářové položky.
Do herbáře jsou ukládány položky získané během různých stáží, mykologických dnů, kongresů apod., organizovaných doma i v cizině. Tak se v něm ocitlo několik stovek sběrů makromycetů z Francie (zejména Jura, Burgundsko, Doubs, Il-de-France, Côte-ďAzur, Languedoc, Haute-Savoie), ale také desítky sběrů z Finska, Norska, Švédska, Německa, Rakouska a Švýcarska. V těchto kolekcích zcela převažují houby lupenaté v širokém pojetí. Položky založené na sběrech ze Slovenska už dávno dosáhly trojciferného počtu, a to i přispěním členů Mykologického klubu Jihočeského muzea. Členové Mykologického klubu se na budování mykologického herbáře muzea podílejí podstatným dílem už od jeho počátku, a to jak svými sběry (manželé Fulínovi, Vratislav Bícha, Jiří Novotný, Karel Opelka, Tomáš Papoušek, Libor Schmidtmayer, Jan Schneider a další), tak i určováním materiálu (Rudolf Vranovský, František Tondl).
V herbáři jsou výrazným způsobem zastoupeny sběry několika amatérských mykologů, kteří působili či působí v jižních Čechách: akvizice stovek položek Jiřího Kubičky z let 1979-1985 (Třeboňsko, Písecko), Jiřího Valtera z let 1991-1999 (Táborsko) a Pavla Špinara z roku 2013 (hlavně Táborsko).
V herbáři byly provedeny taxonomické revize položek rodu šupinovka (Jan Holec, 1998), rodů hlíva a houževnatec (Petr Hrouda, 2000), rodu ouško (Viktorie Halasů, 2020) a části položek rodů křehutka (Martina Vašutová, 2005) a štítovka (Hana Ševčíková, 2014).
Pobočky
- Historická budova Jihočeského muzea
- Muzeum koněspřežky
- Tvrz Žumberk u Nových Hradů
- Památník Jana Žižky z Trocnova