Obrazy
Obrazy zachycují hlavně České Budějovice a další jihočeské lokality. Významnou součástí jsou portréty jednotlivých členů budějovických rodin z 19. století, primátorů města a ředitelů muzea, portrétní a stínové miniatury. Díla pocházející z 20. století jsou většinou od regionálních autorů. Zvláštní část sbírky tvoří malba sakrálního charakteru. Mezi vzácnější kusy můžeme počítat malby barokní, obrazy od Jana Seitze, Adolfa Trägera, Ludvíka Kuby a dalších.
Pobočky
- Historická budova Jihočeského muzea
- Muzeum koněspřežky
- Tvrz Žumberk u Nových Hradů
- Památník Jana Žižky z Trocnova