Mince
Sbírka mincí obsahuje více než 40 000 položek. Mezi nejcennějšími figurují především nálezové celky, které se podařilo zachránit - denárový nález ze Zlivi, rozsáhlý grošový nález z Kněžských Dvorů, nález z Olešníku, nebo velmi rozsáhlý nález mincí z tolarového období z Bukové u Nových Hradů.
Pobočky
- Historická budova Jihočeského muzea
- Muzeum koněspřežky
- Tvrz Žumberk u Nových Hradů
- Památník Jana Žižky z Trocnova