Zoologická
Podsbírka zoologie obratlovců Jihočeského muzea je k 30. listopadu 2023 tvořena 5755 kusy sbírkových předmětů, zapsanými pod 2690 evidenčními čísly, a je kompletně uložena v depozitárním objektu v ulici L. B. Schneidera 6 v Českých Budějovicích. Sbírka sestává zejména z dermoplastických, osteologických a tekutinových preparátů, modely jsou zastoupeny pouze v minimální míře. Naprostá většina sbírkových předmětů je jihočeského původu. Ornitologický fond zahrnuje především dvě ucelené kolekce ptáků českobudějovických sběratelů Jana Píchy a Aloise Mrázka a sbírku ptačích snůšek vytvořenou pro Jihočeské muzeum Ludvíkem Mühlsteinem. Těžištěm mammaliologické části podsbírky je dokladová kolekce drobných savců z jižních Čech shromážděná Petrem Bürgerem a v menší míře i Stanislavem Ošmerou. V posledních letech je v souladu se současnými trendy v zoologii budována i sbírka tkáňových vzorků.
Pobočky
- Historická budova Jihočeského muzea
- Muzeum koněspřežky
- Tvrz Žumberk u Nových Hradů
- Památník Jana Žižky z Trocnova